Шпиталь імені Митрополита Андрея Шептицького надає комплексну стаціонарну та амбулаторну реабілітацію для дорослих і дітей. У закладі функціонує відділення фізичної та реабілітаційної медицини, де працює мультидисциплінарна команда: лікарі ФРМ, фізичні терапевти, ерготерапевти, психологи та логопеди. Основні напрямки включають фізичну реабілітацію після травм, операцій на опорно-руховому апараті, неврологічних захворювань та інсультів. Нейрореабілітація спрямована на відновлення ходи, мовлення та дрібної моторики. Окремий напрямок становить дитяча реабілітація — у закладі працює спеціалізоване відділення, де проводиться корекція постави, розвиток сенсорної інтеграції та індивідуальні заняття, зокрема у басейні для немовлят. Важливою складовою є ментальна підтримка: пацієнти можуть отримати психологічну допомогу для подолання стресу та лікування посттравматичного стресового розладу у межах Центру психічного здоров’я.